Do sezóny 2012/2013 vstoupilo Dynamo opět se Zdeňkem Pitnerem, který se do Dynama vrátil z Investolu Bukovany, jinak se tým od minulé sezóny nezměnil. V prvním utkání sezóny si Dynamo hned zahrálo se svým dlouholetým rivalem z Pohořan. Meta hned v prvním zápase prokázala, jaké jsou její cíle do sezóny a Dynamo smetla 8:1. Tento výsledek však Dynamo vyburcoval ke skvělým výkonům, nejprve ve Štěpánově porazilo Dynamo outsidera skupiny El-jambass 3:0, poté si doma poradilo 2:0 se štěpánovskými Plantoši a v dalším zápase poprvé v historii porazilo M-Contakt po výsledku 3:1. Následoval další zápas, ve kterém bylo Dynamo 5 minut od další výhry, ale Draci nakonec vybojovali remízu 2:2. Přesto se po tomto kole Dynamo poprvé v historii ocitlo na 2.místě tabulky. Pak však přišla tvrdá lekce od Benficy Lašťany, která Dynamo v Bystrovanech porazila 6:0. Následně zajíždělo Dynamo do Hlušovic, kde sice prohrálo první poločas 0:3, přesto se nakonec po velkém obratu radovalo z výhry 5:4. Jenže poté přišla další domácí porážka, tentokrát od Vésky, v poměru 0:4, následně i prohra ve Štěpánově s místním KZT Štěpánov po výsledku 1:3 a také zápas s Pňovicemi nedopadl podle představ a Dynamo odešlo poraženo 1:2. Pak sice zvládlo utkání v Bukovanech v poměru 3:2, poslední zápas podzimu však doma se Samotiškami opět nezvládlo a prohrálo 3:6. S 11 body tak po podzimu patřila Dynamu 10.příčka.
Do jarní části vstupovalo Dynamo s jednou změnou v hráčském poli. Jelikož Bronec musel v zimní pauze na operaci a na jarní část se s ním nedalo příliš počítat, přibralo Dynamo do týmu Masaře. Ten se zapojil hned do prvního zápasu proti lídrovi z Pohořan, a i když tentokrát Dynamo podlehlo výsledkem 1:3, tak bylo velkému favoritovi na postup celkem vyrovnaným soupeřem. Po velkém dramatu pak Bystrovany zvládly zápas s posledním El-jambass, když vyhrály 3:2. Následovala remíza s Plantoši ve Štěpánově, kde Dynamo podalo vynikající výkon a jen špatná koncovka ho stála druhý bod. Pak však přišly dvě těsně porážky s tabulkovými sousedy Dynama, a to s M-Contaktem 2:3 a s Draky 3:4. V dalším kole se však opět Dynamu povedl husarský kousek, když už podruhé v sezóně porazilo druhý tým tabulky, tentokrát to po výsledku 2:1 odnesla Benfica Lašťany. Ani tentokrát si ale pohodu nepřeneslo do dalšího zápasu, když doma podlehlo Hlušovicím 0:6. Následoval další výlet do Vésky, další zápas bez vstřelené branky a prohra 0:2. Poté přišla domácí přestřelka s KZT Štěpánov, který i podruhé porazil Dynamo, tentokrát 4:3. Střeleckou krizi Dynama pak podtrhl zápas v Pňovicích, kde se domácí radovali z výhry 2:0. Díky odstoupení Investolu Bukovany pak Dynamo získalo 2 body za kontumační výhru 3:0. V posledním zápase sezóny zvládlo Dynamo přestřelku v Samotiškách a výhrou 5:4 se rozloučilo nejen se sezónou, ale také s Jiřím Pleskou, který po sezóně odchází do druholigového Atletica Bystrovany. Sezónu tak Dynamo zakončilo na 10.místě a stejně jako loni pokořilo hranici 20 bodů, tentokrát se zastavilo přímo na této hodnotě.
Po sezóně se Dynamo ještě tradičně zúčastnilo Turnaje o pohár FC HCO, kde po dvou předchozích bronzových pozicích a jedné 6 pozici tentokrát zaznamenalo nejhorší výsledek v podobě 7.místa. Za Dynamo zde nastoupila posila z Atletica Haná Tomáš Rozman a po operaci také uzdravený Bronec.